Vecka 2 - transposition

Question 1

Retro-like-viral retrotransposons, vad är det?

Answer 1

DNA-segment i genomet som har två stycken Long terminal repeats i sina ändar.

Dessa LTR kodar för reverse transchiptas. Sekvensen inom LTR kommer att transkriberas för att sedan med reverse transchiptas bli cDNA –> och därefter inkorporeras i arvsmassan

Question 2

Vad är nonretroviral retrotransposons?

Answer 2

En transposon som innehåller reverse transchiptas, och kodar för en polo A svans.

Först skapas en RNA-intermediär som översätts tillbaka till en cDNA.

Människan har t.ex. ett LINE element som heter L1 som är en sådan.

Question 3

Beskriv hur en transposon skapas (inte LINE element)

Nyckelord transposas.

Answer 3

1. Transposas är ett protein som binder till den del av ds-DNA som ska dupliceras.
2. Mål-DNAt klyvs på en slumpmässig plats i arvsmassan av transposas, som för med sig den utklippta ds-DNA.
3. Inkorporering sker i mål-DNA. Vi har då fått en sekvens som har flyttat till en annan plats.
4. Det DNA som har fått ett DSB, där transposonen har flyttats från, ligeras ihop

Question 4

Vilken “organism” kan använda transposition?

Answer 4

Retrolike virus som har RNA, kan med ett reverse transciptas skapa ett cDNA som inkoproreras i värdorganismens genom.

Question 5

Vad är LINE?

Hur sker denna mekanism, beskriv.

Nyckelord cDNA, RNA, RT, Endo

Answer 5

LINE - long interpersed nuclear element, är en typ av retrotransposon som kan kopiera sig till ett RNA, flytta från en plats till en annan i DNA.

LINE sekvensen kodar själv för dem proteiner som krävs för att den ska kunna flytta runt. Har även en egen promotor, dit RNA polymeras kan binda.

1. RNA skapas från transposonen som ska flytta.

+ ett RT och endonueklasprotein i samma, transkiberas från LINE-elementet.

2. Detta protein med RT och endo, binder till L1 RNA som ska flytta.
3. Endonukleaset klyver värd-DNA. RT använder en sekvens i DNA som primer, och syntetiserar den första strängen DNA från Line RNA.
4. Därefter används den nya cDNA som templat för syntes av nästa sträng. –> inkorporering.

Question 6

Vad heter sekvensen i en retrotransposon som kodar för dem proteiner som behövs för att den ska kunna flytta runt i DNA?

Vad innebär autonom transposon?

Answer 6

OFR-sekvens

LINE är exempel på en autonom transposon. Den innehåller all kodande information som behövs för att den ska kunna flytta runt i arvsmassan. Detta skiljer denna från SINE-element!

Question 7

På vilket sätt påverkar inte transposoner ofta organismer neagtivt?

Answer 7

Genom selektion. Transposoner har AT-rika områden som preferens. Det råkar vara så att kodande och reglerande element är mer GC rika.

Question 8

Hur påverkar transposoner kromsomer om man jämför människa med en annan organism?

Answer 8

Gener som organismer har gemensamt är högt konserverade, men transposoner kan genom sin inkorporering ändra avstånd mellan gener. Därmed skillnad mellan olika organismer var konserverade gener befinner sig.