Diagnostic de laboratoire

Question 1

Quelles sont les 3 phases du cheminement diagnostiques

Answer 1

• Phase pré-analytique
• Phase analytique
• Phase post-analytique

Question 2

Donner 5 étapes de la phase pré-analytique

Answer 2

• Patient consulte avec des symptômes/signes d’une maladie infectieuse
• Diagnostic clinique tentatif
• Prescription de prélèvements de culture
• Prélèvements identifiés au nom + numéro d’assurance maladie du patient puis acheminés au laboratoire avec la demande d’analyses
• Réception des prélèvements au laboratoire

Question 3

Donner 8 étapes de la phase analytique

Answer 3

• Examen direct sur le prélèvement
• Rapport partiel émis au médecin : interprétation
• Mise en culture du prélèvement
• Incubation des milieux ensemencés
• Lecture des milieux (le lendemain)
• Identification bactérienne
• Rapport partiel: interprétation
• Finalisation de l’identification

Question 4

Donner 2 étapes de la phase post-analytique

Answer 4

• Émission du rapport final
• Interprétation finale du médecin

Question 5

Quelles sont les 4 raisons pour effectuer un examen direct?

Answer 5

• Quantifier les globules blancs présents dans le prélèvement: ceci nous informe sur la réponse inflammatoire et la «purulence» de l’échantillon.
• Dans certains cas, exprimer en valeur relative la quantité de polynucléaires présents dans le prélèvement
• Observation de micro-organismes pour poser un diagnostic présomptif (bactéries, éléments mycéliens, levures, structures parasitaires, inclusions virales)
• Évaluation de la qualité du prélèvement pour décider si le résultat final sera fiable

Question 6

Nommer 4 examens directs effetués de façon routinière

Answer 6

• Sérum physiologique
• Hydroxyde de potassium (KOH)
• Iode
• Fond noir

Question 7

Qu’est-ce que permet le sérum physiologique? (2)

Answer 7

• permet d’observer la mobilité de certains micro-organismes
• permet d’évaluer rapidement les micro-organismes avec des formes particulières, ex.: levures

Question 8

Décrire l’examen direct par hydroxyde de potassium et son utilité

Answer 8

• KOH 10 % digère la kératine
• utile pour diagnostiquer des éléments mycéliens (champignons) à partir de prélèvement d’ongles, de peau et de cheveux

Question 9

Décrire le diagnostic direct par iode et donner son utilité

Answer 9

• colore les noyaux et organelles cytoplasmiques
• utile pour colorer rapidement les selles d’un patient et diagnostiquer la présence de protozoaires (ex.: amibes)

Question 10

Quelle est l’utilité du diagnostic direct par fond noir?

Answer 10

• utile pour mettre en évidence des micro-organismes mal visualisés en microscopie optique standard et qui se colore difficilement (ex. : spirochète)

Question 11

Nommer 2 types d’examens directs avec coloration

Answer 11

- Coloration de Gram *****

• Coloration de Ziehl-Neelson

Question 12

Quel est le principe de la coloration de Gram?

Answer 12

La teneur en lipide de la paroi cellulaire des bactéries est variable.

Les parois pauvres en lipides retiennent plus le colorant cristal

violet (Gram positif).

** Pauvre = Positif **

Quand la paroi est riche en lipides, le cristal violet ne s’imprègne pas de façon permanente. Le décolorant le déloge (Gram négatif).

Question 13

Quelles sont les 10 étapes techniques de la coloration de Gram?

Answer 13

1) étaler sur une lame une couche mince du prélèvement à colorer
2) fixer à la chaleur
3) cristal violet (1 minute)
4) laver
5) iode (1 minute) pour bien fixer le cristal violet
6) décolorer quelques secondes à l’acétone alcool
7) laver
8) safranine (1 minute)
9) laver, assécher
10) lire au microscope

Question 14

Quelle est l’interprétation d’une bactéries colorée de couleur bleue par coloration de Gram?

Answer 14

Le cristal violet n’a pas été décoloré par l’acétone alcool: la contre-coloration à la safranine (rose) a été inefficace. La couleur finale de la bactérie est bleue ce qui implique une paroi pauvre en lipide : bactérie Gram positif (ex. : Staphylococcus).

Question 15

Quelle est l’interprétation d’une bactéries colorée de couleur rose par coloration de Gram?

Answer 15

La paroi est riche en lipides. Le cristal violet est facilement libéré de la paroi par le décolorant. La contre-coloration avec la safranine est possible car la paroi est libre de colorant : bactérie Gram négative (ex. : Escherichia coli).

Question 16

Quelles sont les 4 utilités de la coloration de Gram ?

Answer 16

• Permet de reconnaître rapidement le ou les bactéries possiblement pathogènes présentes dans le prélèvement et d’en informer rapidement le clinicien.
• Permet d’évaluer la présence ou l’absence de flore normale quand le prélèvement provient d’un site non stérile.
• Permet d’évaluer la réponse inflammatoire car les globules blancs sont colorés dans le processus.
• Permet de quantifier de façon relative les polynucléaires versus les cellules mononucléées. Ceci aide dans certains cas à distinguer les infections bactériennes des infections virales.

Question 17

Quel est le principe de la coloration de Ziehl-Neelsen?

Answer 17

La paroi de certains micro-organismes est épaisse et cireuse et ne se colore pas facilement. Une fois les parois colorées par contre elles résistent à la décoloration par un solvant tel l’acidealcool. Ces bactéries sont appelées par conséquent « bacilles acido-alcoolo résistants » ou B.A.A.R.

Question 18

Quelles sont les 8 étapes techniques de la coloration de Ziehl-Neelsen?

Answer 18

1) préparer une lame à partir du prélèvement comme la coloration de Gram
2) « carbol fuchsin »
3) laver
4) acide-alcool
5) laver
6) bleu de méthylène
7) laver, assécher
8) lire au microscope

Question 19

Quelle est l’interprétation d’une bactéries colorée de couleur rose par coloration de Ziehl-Neelson?

Answer 19

La paroi épaisse et cireuse a capté le premier colorant de la coloration de Ziehl-Neelsen (« carbol fuchsin ») et a résisté au décolorant. La contre-coloration au bleu de méthylène s’est avérée inefficace. La couleur finale est rose. Il s’agit d’un bacille acido-alcoolo résistant (BAAR) ex.: mycobactéries.

Question 20

Quelle est l’interprétation d’une bactéries colorée de couleur bleue par coloration de Ziehl-Neelson?

Answer 20

La paroi plus mince de la bactérie, moins imperméable que dans le cas précédent, a pris le « carbol fuchsin » (rose) mais n’a pas résisté au décolorant. La contre-coloration avec le bleu de méthylène a été possible. La couleur finale est bleue. Il ne s’agit pas d’un bacille acido-alcoolo résistant.

Question 21

Quelles sont les 2 utilités de la coloration Ziehl-Neelson?

Answer 21

• Permet l’identification présomptive des mycobactéries sans pouvoir les identifier à l’espèce.
• D’autres germes sont des B.A.A.R., ex.: Nocardia

Question 22

Quelles sont les 4 caractéristiques macroscopiques d’une culture

Answer 22

• forme de la colonie
• couleur de la colonie
• grosseur de la colonie
• présence ou non d’hémolyse autour de la colonie

Question 23

Donner 5 exemples d’identification préliminaire de bactéries selon l’aspect macroscopique

Answer 23

Question 24

Donner les 5 étapes de l’identification finale d’une culture

Answer 24

• performance de tests biochimiques à partir des colonies
• rapport partiel
• identification finale de la bactérie
• performance de l’antibiogramme
• émission du rapport final

Question 25

Quels sont les 2 types de prélèvements permetant l'interprétation des résultats de culture?

Answer 25

- Prélèvement à partir d'un site normalement stérile - Prélèvement à partir d'un site non stérile

Question 26

Quelles sont les sites normalement stériles du corps?

Answer 26

Le sang et tous les liquides biologiques (liquide céphalo-rachidien, liquide synovial, liquide pleural)

Question 27

Quels sont les 2 types de pathogènes retrouvés dans le prélèvement à partir d'un site normal&

Answer 27

- Pathogènes classiques - Présence de germes autres

Question 28

Quelle est l'interprétation de la présence d'un pathogène classique dans un prélèvement à partir d'un site normalement stérile?

Answer 28

Lorsqu’un pathogène classiquement associé à une infection d’un liquide normalement stérile est mis en évidence, le médecin qui prend connaissance du rapport considère que l’infection suspectée ou non est confirmée

Question 29

Quelle est l'interprétation de la présence d'autres germes dans un prélèvement à partir d'un site normalement stérile?

Answer 29

Exemple : Présence de *Cutibacterium acnes* (agent bactérien impliqué dans l’acné) dans le liquide céphalorachidien d’un adolescent chez qui on veut éliminer la présence d’une méningite.Le *Cutibacterium* n’est pas un agent classiquement associé aux méningites bactériennes. Pour prélever le liquide céphalorachidien, on pique à travers la peau vis-à-vis la colonne lombaire. Si la ponction est difficile (plusieurs piqûres avant d’obtenir le liquide), il est possible d’introduire des germes dans le liquide qu’on prélève. On parle alors de contamination lors du prélèvement et le germe identifié n’est pas considéré comme pathogène.

Question 30

Définir ce qu'est un site non stérile et donner 4 exemples

Answer 30

On entend par site non stérile un site où il est connu qu’une flore normale s’y retrouve (bouche, vagin, peau, rectum ou selles)

Question 31

Quels sont les 2 critères à respecter pour bien interpréter les résultats de cultures obtenus à partir de sites non stériles?

Answer 31

- connaître la flore normale de ces sites - porter attention seulement aux bactéries qui ne font pas partie de cette flore ou qui sont reconnues pour causer des infections.

Question 32

Quelles sont les 2 méthodes utilisées pour un diagnostic rapide?

Answer 32

- Détection rapide d'antigène - Méthode moléculaire

Question 33

Décrire la détection rapide d'antigène dans le diagnostic rapide

Answer 33

Diverses méthodes existent sur une base commerciale pour détecter rapidement la présence d’antigènes (souvent des protéines de surface) caractéristique de certains micro-organismes. D’autres tests rapides sont disponibles pour identifier en quelques minutes la présence d’influenza de type A à partir d’échantillon respiratoire.

Question 34

En quoi consiste le diagnostic rapide par méthode moléculaire?

Answer 34

- Consitste à **a****mplifier** une partie du génome du germe à identifier dans un premier temps (amplifier = générer de multiples copies d’une portion du génome). - Par la suite, il suffit d’appliquer une méthode de **détection** de la portion du génome maintenant amplifiée pour confirmer la présence d’un pathogène suspecté.

Question 35

Quelle est l'utilité de la méthode moléculaire lors du diagnostic rapide?

Answer 35

Ces méthodes sont particulièrement utiles quand le germe à détecter se cultive difficilement ou qui se trouve en faible quantité dans un prélèvement donné, ce qui rend sa détection difficile \*\* C’est le cas du virus herpès simplex (associé au « feux sauvages » et à l’herpès génital) qui peut causer des encéphalites. La recherche d’herpès par culture standard s’avère souvent infructueuse à partir d’un prélèvement de liquide céphalorachidien. Par contre, l’application d’une méthode d’amplification de type PCR (« Polymerase Chain Reaction » ou Test d’amplification des acides nucléiques (TAAN)) à partir du même liquide céphalorachidien révèle habituellement la présence d’herpès simplex. \*\*

Question 36

Qu'est-ce que la sérologie

Answer 36

Mettre en évidence des preuves indirectes de la présence d'un agent infectieux Au lieu de détecter le germe directement, il s’agit ici de détecter la présence d’anticorps spécifiques produits par le patient colonisé ou infecté par un germe. Ces anticorps produits par le système immunitaire sont présents dans le sérum de la personne atteinte d’où l’appellation générale « sérologie ».

Question 37

Qu'elle est l'utilité de la sérologie?

Answer 37

La recherche d’anticorps est particulièrement utile pour faire le diagnostic des infections virales, les virus étant en général plus longs et difficiles à mettre en évidence par culture.

Question 38

Nommer 5 virus ou maladie où la sérologie est la méthode diagnostique la plus utilisée pour poser un diagnostic infectieux

Answer 38

- virus d’immunodéficience humain (VIH) - hépatite A, B, C - rougeole - rubéole - varicelle

Question 39

Quels sont les 2 types d'anticorps utilisés en microbiologie diagnostique?

Answer 39

- Anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type M ou IgM - Anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type G ou IgG

Question 40

Décrire les anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type M ou IgM

Answer 40

Ils apparaissent en phase aiguë de la maladie et leur présence indique une infection actuelle ou très récente (ex.: hépatite A) Quand un médecin demande une sérologie de l’hépatite A, c’est l’anticorps de type M ou IgM qui est recherché sur le sérum du patient.

Question 41

Décrire les anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type G ou IgG

Answer 41

En phase de convalescence d’une infection, c’est ce type d’anticorps qui est produit et qui confère une immunité long terme contre l’agent infectieux en question. Au début d’une infection, les IgG sont absents. Quand un deuxième sérum est prélevé aux moins deux semaines plus tard, la présence d’IgG spécifiques à l’infection en cause est documentée.

Question 42

Qu'est-ce que la séroconversion?

Answer 42

C'est le passage des IgG de négatif à positif Le principe de la séroconversion s’applique à la vaccination ⇒ la recherche d’anticorps est effectuée sur un premier échantillon de sérum pris avant la vaccination et sur un deuxième échantillon prélevé quelques semaines post-vaccination.